Ιστορία 1918 - 1945 Ο Παναθηναϊκός το 1922 Το 1919 ο Γιώργος Καλαφάτης παρακολούθησε στο Παρίσι αγώνες καλαθοσφαίρισης, κατά τη διάρκεια των Διασυμμαχικών Αθλητικών Αγώνων. Το άθλημα του μπάσκετ ήταν άγνωστο έως τότε στην Ελλάδα. Επέστρεψε στην Ελλάδα με τον απαιτούμενο εξοπλισμό και δημιούργησε την ομάδα καλαθοσφαίρισης, με επικεφαλής τον πολυσύνθετο αθλητή Απόστολο Νικολαΐδη.
Το 1922 στο Παναθηναϊκό Στάδιο δόθηκε ο πρώτος αγώνας μπάσκετ ελληνικών ομάδων ανάμεσα στον Παναθηναϊκό και τη ΧΑΝΘ. Από τα πρώτα μέλη της ομάδας υπήρξαν οι μεγάλες μορφές του συλλλόγου Καλαφάτης, Νικολαΐδης και Πανουργιάς. Η έλλειψη εξοπλισμού αλλά και ενδιαφέροντος οδήγησε στη διάλυση της ομάδας.
Το 1937 δημιουργήθηκε η επόμενη ομάδα του Παναθηναϊκού και τα επόμενα χρόνια επιχείρησε να καλύψει το χαμένο έδαφος σε σχέση με τις ήδη έτοιμες ομάδες όπως η ΧΑΝΘ, Εθνικός Αθ., Πανιώνιος, Άρης, Ηρακλής. Οι Άγγελος Φιλίππου και Νίκος Μαντζάρογλου, Λίτσας, Δημητράκος, ήταν οι πρωτεργάτες της ομάδας, ενώ στη συνέχεια προσχώρησαν οι Τέλης Καραγιώργος, Θύμιος Καραδήμος, Γιώργος Μποφίλιος, Φίλιππος Παπαοικονόμου, Πέτρος και Νίκος Πολυκράτης. Τα χρόνια της κατοχής, ο ΠΑΟ κατάφερε να διατηρήσει την ομάδα μπάσκετ.
Μεταπολεμική ιστορία Φ. Ματθαίου 1946 - 1960 Το 1946 στο πρώτο μεταπολεμικό πρωτάθλημα, αλλά και το 1947, ο Παναθηναϊκός αναδείχθηκε πρωταθλήτης, με τους Λάμπρου, Πανταζόπουλο, Αρβανίτη (οι οποίοι κατέκτησαν το χάλκινο μετάλιο στο Ευρωμπάσκετ 1949) και το Τζακ Νικολαΐδη (ανηψιό του Απόστολου Νικολαΐδη).
Το 1950 και το 1951 ο Παναθηναϊκός αναδεικνύεται και πάλι πρωταθλητής, ενισχυμένος με τον μεγάλο αθλητή Φαίδων Ματθαίου και το Νίκο Μήλα. Το 1954 επαναλαμβάνει την επιτυχία του. Την επόμενη πενταετία ο ΠΑΟ ήταν αναγκαίο να ανανεωθεί. Το 1959 κατασκευάστηκε στο Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης το κλειστό γυμναστήριο μπάσκετ, γνωστό ως «Τάφος του Ινδού», το οποίο υπήρξε η έδρα της ομάδας μέχρι τις αρχές του 90' και συνδέθηκε με σημαντικές επιτυχίες.
1960 - 1970 Ο Γιώργος Κολοκυθάς Το 1961 ο Παναθηναϊκός επιστρέφει στους τίτλους με νέους ηγέτες τους Βασιλακόπουλο, Ταβουλάρη, Παναγιωταράκο και επαναλαμβάνει την επιτυχία το 1962. Το 1962 αγωνίζεται για πρώτη φορά σε Ευρωπαϊκή διοργάνωση αντιμετωπίζοντας τη Χάποελ Τελ Αβίβ για το Κύπελλο Πρωταθλητριών.
Το 1967 ο Παναθηναϊκός στέφεται πρωταθλητής ενώ αγωνίζεται ήδη στις τάξεις του ο Γιώργος Κολοκυθάς, ένας από τους μεγαλύτερους καλαθοσφαιριστές της εποχής του. Το 1969 η κατάκτηση του Πρωταθλήματος συνοδεύεται από την πρώτη ευρωπαϊκή επιτυχία της ομάδας, την είσοδο στην τετράδα του Κυπέλλου Κυπελλούχων, όπου αποκλείστηκε από τη Ντιναμό Τιφλίδας. Το 1970 ο ΠΑΟ έγινε η πρώτη ελληνική ομάδα που χρησιμοποιεί ξένο παίκτη για τα ευρωπαϊκά παιχνίδια, ο οποίος ήταν ο αμερικανός Κραιγκ Γκρήνγουντ.
Η Χρυσή εποχή 1970 - 1984 Στα επόμενα 14 χρόνια ο Παναθηναϊκός κατέκτησε 10 Πρωταθλήματα Ελλάδος με ηγέτη τον ικανό σκόρερ Απόστολο Κόντο, ενώ παράλληλα συμμετείχε στην τετράδα το 1972 και στην πεντάδα το 1982, του Κυπέλλου Πρωταθλητριών.
1971 - 1975 Ο Απόστολος Κόντος Ο Κώστας Μουρούζης, γνωστός και ως «αλεπού των πάγκων», διαχειρίστηκε την «ομάδα των τεσσάρων Κ». Οι νέοι Κόντος, Κορωναίος, Κοκολάκης, Κέφαλος μαζί με τον Ιορδανίδη, που λειτουργούσε ως συνδετικός κρίκος με τους παλιούς, κατέκτησαν 5 συνεχόμενα πρωταθλήματα και το 1972 έκαναν τη σημαντική για την εποχή τους επιτυχία της συμμετοχής στα ημιτελικά του Κυπέλλου Πρωταθλητριών, πλαισιωμένοι από τον αμερικάνο Γουίλι Κέρκλαντ. Εκεί η Ίνις Βαρέζε, μιας από τις ισχυρότερες ομάδες της εποχής, στάθηκε ανυπέρβλητο εμπόδιο για τον Παναθηναϊκό.
1976 - 1979 Τις επόμενες 4 περιόδους ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρωτάθλημα το 1977 ενώ έχει αποκτηθεί ο Μέμος Ιωάννου από το 1974. Ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρώτο του Κύπελλο Ελλάδος το 1979, χρονιά που αγωνίζεται για πρώτη φορά στη ομάδα του ο ελληνοαμερικανός Ντέιβιντ Στεργάκος, παίκτης με σημαντική προσφορά τα επόμενα χρόνια.
1980 - 1984 Την πενταετία που ακολούθησε ο Παναθηναϊκός κατακτά 4 πρωταθλήματα (1980, 1981, 1982, 1984) και δύο κύπελλα (1982, 1983). Με προπονητή τον Κώστα Πολίτη το 1982 κατακτά το πρώτο νταμπλ αλλά και πετυχαίνει να κατακτήσει την 5η θέση στην Ευρώπη αγωνιζόμενος σε όμιλο, αφού είχε πρωτίστως αποκλείσει την ΤΣΣΚΑ. Το 1984 με πρωταγωνιστές τους Ανδρίτσο και Κάππο, κατέκτησε στον αγώνα μπαράζ της Κέρκυρας, το τελευταίο πρωτάθλημα πριν τη μεγάλη αγωνιστική κρίση που θα ακολουθούσε. Λίγο νωρίτερα έχει ενταχθεί στην ομάδα ο Ρόνι Σεϊκέλι ο οποίος αν και δικαιούταν την ελληνική υποκοότητα, δεν την απέκτησε λόγω γραφειοκρατικών προβλημάτων και αναγκάστηκε να αποχωρήσει, για να αγωνιστεί αργότερα στο ΝΒΑ, στερώντας έτσι από το σύλλογο την ευκαιρία να αποφύγει τα πέτρινα χρόνια.
Η μεγάλη κρίση 1985 - 1992 Ο Αντόνιο Ντέιβις 1985 - 1988 Το 1985 ο ΠΑΟ κατατάσεται 3ος στο πρωτάθλημα, οι Στεργάκος, Ιωάννου, Βίδας Ανδρίτσος, έχουν καθιερωθεί, ενώ ο Κορωναίος θα αποχωρήσει την επόμενη χρονιά. Οι ισορροπίες έχουν πλέον αλλάξει και ο Παναθηναϊκός παύει να αποτελεί φόβητρο και περιορίζεται σε δευτερεύοντα ρόλο. Παρ΄ όλα αυτά αποτελεί υπολογίσιμο αντίπαλο. Το 1986 κάνει την έκπληξη και αποκλείει τον ισχυρό Άρη από το Κύπελλο Ελλάδας, ενώ στο τελικό νικά τον Ολυμπιακό. Αυτός ήταν ο τελευταίος τίτλος του έως το 1993. Τις επόμενες 2 χρονιές κατετάγη 5ος.
Από το 1987 ανέλαβαν την προεδρία του τμήματος οι φαρμακοβιομήχανοι και παλιά μέλη του συλλόγου, αδελφοί Γιαννακόπουλοι.
1989 - 1992 Από το 1988 επιτρέπεται η χρήση ξένου στο πρωτάθλημα και ο Παναθηναϊκός αποκτά τον Έντγκαρ Τζόουνς από το ΝΒΑ. Ικανός σουτέρ, ριμπάουντερ και σκόρερ, τα επόμενα 2 χρόνια είναι ο πρωταγωνιστής της ομάδας. Ο ΠΑΟ προκαλεί σημαντικές απώλειες στις πρωταγωνίστριες ομάδες, όμως απέχει από τη διάκριση. Την επόμενη διετία ο Αντόνιο Ντέιβις παίκτης που θα κάνει στη συνέχεια μεγάλη καριέρα στο ΝΒΑ αντικαθιστά τον Τζόουνς στον ηγετικό ρόλο. Έχουν αποκτηθεί πλέον οι πιο ταλαντούχοι νέοι παίκτες Αλβέρτης, Οικονόμου, Μυριούνης, όμως ο ΠΑΟ διανύει τη χειρότερη περίοδο της ιστορίας του αφού από την 7η θέση το 1991 πέφτει στην 8η το 1992 και μένει για πρώτη φορά εκτός Ευρώπης μετά το 1967.
Η επιστροφή στις διακρίσεις 1993 - 1995 1993 - 1995 Ο Νίκος Γκάλης Το καλοκαίρι του 1992 επιχειρείται πλήρης ανασυγκρότηση στον Παναθηναϊκό. Ο κορυφαίος Έλληνας καλαθοσφαιριστής Νίκος Γκάλης εντάσεται στην ομάδα και πλαισιωμένος από τους Στόγιαν Βράνκοβιτς, Τιτ Σοκ, Άριαν Κόμαζετς οδηγεί τον ΠΑΟ στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας και στους τελικούς του Πρωταθλήματος όπου ηττάται, αν και είχε πλεονέκτημα έδρας. Η επόμενη χρονιά 1993-94 βρίσκει τον Παναθηναϊκό στην τρίτη θέση της Ευρώπης για πρώτη φορά στην ιστορία του και θεωρείται επιτυχημένη, αν και στην Ελλάδα δεν κατάφερε να διακριθεί.
Η σεζόν 1994-95 είχε ξεκινήσει με τις καλύτερες προυποθέσεις και την απόκτηση των Παναγιώτη Γιαννάκη και Ζάρκο Πάσπαλι. Ο ΠΑΟ ήταν το απόλυτο φαβορί για όλους τους τίτλους. Απέκλεισε τον Ολυμπιακό από το κύπελλο Ελλάδας πριν αρχίσει το Πρωτάθλημα. Ο Νίκος Γκάλης (πρωταγωνιστής των προκριματικών του Κυπέλλου Πρωταθλητριών και του αγώνα κυπέλλου με τον Ολυμπιακό) αποχώρησε από την ομάδα μετά τις πρώτες αγωνιστικές του Πρωταθλήματος Ελλάδας. Έτσι ο ΠΑΟ αν και έκανε σπουδαίες εμφανίσεις κατάφερε μόνο να διατηρήσει την τρίτη θέση στην Ευρώπη και να αγωνιστεί στον τελικό του Ελληνικού Πρωταθλήματος.
Πρωταθλητής Ευρώπης, Ηπείρων και Ελλαδος 1996-1998 Η τριετία 1996-98 ήταν η περίοδος που ο ΠΑΟ αναδείχθηκε διαδοχικά Πρωταθλητής Ευρώπης, Ηπείρων και Ελλάδας, εκπληρώνοντας έτσι όλους τους στόχους που είχε θέσει.
1995 - 1996 Ο Ντομινίκ Γουίλκινς Ο πήχης είχε ανέβει πλέον ψηλά για την ομάδα του Παναθηναϊκού και ήταν επιτακτική η ανάγκη για την απόκτηση ενός σημαντικού τίτλου. Το καλοκαίρι του 1995 αποκτάται ο Ντομινίκ Γουίλκινς, ένας από τους κορυφαίους Αμερικάνους που αγωνίστηκαν ποτέ στην Ευρώπη. Προπονητής της ομάδας αναλαμβάνει ο Μπόζινταρ Μάλκοβιτς. Μαζί με τους Γιαννάκη, Βράνκοβιτς, Αλβέρτη, Παταβούκα, Οικονόμου, συνθέτουν μια πολύ έμπειρη ομάδα και αναδεικνύονται στο Παρίσι, πρωταθλητές Ευρώπης, επιτυχία πρωτόγνωρη για ελληνικό σύλλογο μπάσκετ. Στην Ελλάδα η φυγή του Ντομινίκ Γουίλκινς σε συνδυασμό με την κόπωση από το Φάιναλ Φορ, οδήγησαν τον Παναθηναϊκό, στους τελικούς του Πρωταθλήματος, σε μία οδυνηρή ήττα.
1996 - 1997 Την επόμενη σεζόν ο Μάλκοβιτς απομακρύνει όλους τους αστέρες της ομάδας και επιχειρεί να συνθέσει μια ομάδα συνόλου. Με την έναρξη της σεζόν ο ΠΑΟ στέφεται Πρωταθλητής Ηπείρων νικώντας την Ολίμπια Βενάδο Τουέρτο, πρωταθλήτρια Νοτίας Αμερικής. Όμως η ανανέωση αποτυγχάνει και ο Παναθηναϊκός αποτυγχάνει να συμμετάσχει στο Φάιναλ Φορ και να υπερασπιστεί τον ευρωπαϊκό τίτλο του. Στο πρωτάθλημα τερματίζει πέμπτος χάνοντας το δικαίωμα να συμμετάσχει στην Ευρωλίγκα την επομενη χρονιά και έτσι ο μόνος τίτλος που θα ήταν ιδανικός στόχος για να ξεπεραστεί η κρίση την επόμενη περίοδο, ήταν το πρωτάθλημα Ελλάδας.
1997 - 1998 Ο Ντίνο Ράτζα Ο Λευτέρης Σούμποτιτς αναλαμβάνει την τεχνική ηγεσία και πείθει τον Ντίνο Ράτζα να μεταγραφεί στον ΠΑΟ. Ο Μπάιρον Σκοτ και ο Φάνης Χριστοδούλου ήταν σημαντικές επιπλέον μεταγραφικές κινήσεις και. μαζί με τους καταξιωμένους πλέον Αλβέρτη, Οικονόμου, Κοχ και άλλους, οδηγούν τον Παναθηναϊκό στο πρωτάθλημα Ελλάδος. μετά από 14 χρόνια. Στο ελληνικό πρωτάθλημα ο Παναθηναϊκός παρουσίασε εντυπωσιακή εικόνα και κέρδισε στους τελικούς τον ΠΑΟΚ με 3 νίκες έναντι 2.
1999 - Το πρωτάθλημα στο ΣΕΦ Σημαντική αποδείχθηκε για τον Παναθηναϊκό η περίοδος 1998-99 καθώς ο Ολυμπιακός, με πλεονέκτημα έδρας, ήταν έτοιμος να επιστρέψει στην κορυφή. Το πρωτάθλημα κρίθηκε στον τελευταίο αγώνα των πλέι οφ και ο Παναθηναϊκός επικράτησε εκτός έδρας απέναντι στον Ολυμπιακό σημειώνοντας μια από τις αποφασιστικές νίκες του. Έτσι, όχι μόνο διατήρησε τον τίτλο του αλλά οδήγησε τον Ολυμπιακό σε μια διαδικασία ανανέωσης και ανασυγκρότησης η οποία δεν καρποφόρησε στη συνέχεια.
Εποχή Ομπράντοβιτς - Η καταξίωση σε Ελλάδα και Ευρώπη Η έλευση του Ζέλικο Ομπράντοβιτς στον Παναθηναϊκό συνοδεύτηκε με μια περιόδο σημαντικότατων επιτυχιών που καταξίωσαν την ομάδα και την ανέδειξαν σε μια από τις ισχυρότερες της Ευρώπης σε βάθος χρόνου.
2000 - 2002 Πρώτη κίνηση του Ομπράντοβιτς ήταν να προσαρμόσει τον Παναθηναϊκό στον Ντέγιαν Μποντιρόγκα, τον παίκτη πάνω στον οποίο θα «έκτιζε» όλη την ομάδα. Ο Μποντιρόγκα έγινε ο απόλυτος ηγέτης Παναθηναϊκού και τον οδήγησε σε 3 συνεχόμενα πρωταθλήματα 1999, 2000, 2001 και τρεις συνεχόμενους τελικούς Πρωταθλητριών Ευρώπης (2000, 2001 (Σουπρολίγκα), 2002) εκ των οποίων κατέκτησε τους 2 (2000, 2002 στην Ευρωλίγκα). Δεν κατάφερε να κατακτήσει κύπελλο Ελλάδος αν και αγωνίστηκε σε δυο τελικούς. Οι Ράτζα, Ρέμπρατσα, Ρότζερς, Μίντλετον, Αλβέρτης, Κουτλουάι ήταν μερικοί από τους παίκτες που διακρίθηκαν στο διάστημα αυτό. Η κυριαρχία στο ελληνικό πρωτάθλημα διακόπηκε το 2002, χρονιά που κατέκτησε το 3ο Ευρωπαϊκό πρωτάθλημα, στο τέλος της οποίας σημειώθηκαν σημαντικές αλλαγές, με αφετηρία τη φυγή του Μποντιρόγκα και την επακόλουθη αναγκαία ανανέωση της ομάδας.
2003 - 2011 Ο Δημήτρης Διαμαντίδης Τη σεζόν 2002-03 ο Ομπράντοβιτς έπρεπε να επαναφέρει τον Παναθηναϊκό στην κορυφή της Ελλάδας ξεκινώντας από νέα βάση. Πέτυχε το στόχο του, αφού τα επόμενα 7 χρόνια κατέκτησε 6 νταμπλ και 2 τριπλ κράουν. Ο Παναθηναϊκός άλλαξε ριζικά τον τρόπο παιχνιδιού του μετά την αντικατάσταση του Μποντιρόγκα. Το συγκεντρωτικό παιχνίδι του Σέρβου αθλητή αντικαταστάθηκε από ένα πρωτόγνωρο μοντέλο ομαδικού παιχνιδιού που αποδείχθηκε ότι αντιπροσώπευε την εξέλιξη του αθλήματος, που περνούσε σε πιο ομαδική μορφή. Παίκτες όπως οι Λάκοβιτς, ΜακΝτόναλντ, Αλβέρτης στη συνέχεια οι Διαμαντίδης, Χατζηβρέττας, Σκεπάνοβιτς, Μπατίστ και αργότερα Σπανούλης, Σισκάουσκας, Γιασικεβίτσιους, αγωνίστηκαν με γνώμονα το ομαδικό μπάσκετ και τη συνολική επιτυχία της ομάδας. Ο ΠΑΟ έτσι εξελίχθηκε σε ένα μηχανισμό κατάκτησης τίτλων όπου δεν υπήρξε ποτέ ανατικατάστατος παίκτης και οι διακρίσεις ταυτίστηκαν με την ομάδα. Στις 14 Δεκεμβρίου 2009 η ομάδα του ΠΑΟ αναδείχθηκε κορυφαία ομάδα για το 2009 στην ψηφοφορία του Συνδέσμου Αθλητικών Συντακτών , με 1.291 ψήφους.
Τέλος εποχής Ομπράντοβιτς Στις 12 Ιουνίου του 2012 ανακοινώθηκε το τέλος της συνεργασίας του Παναθηναϊκού με τον προπονητή Ομπράντοβιτς ύστερα από 13 χρόνια επιτυχιών και 5 Ευρωπαϊκών κυπέλλων. Ο νέος Παναθηναϊκός αποφασίστηκε να χτιστεί με περισσότερους Έλληνες και το πρώτο βήμα για την εκπλήρωση του εγχειρήματος έγινε με την πρόσληψη του προπονητή, και πρώην παίχτη της ομάδας, Αργύρη Πεδουλάκη. Η νέα διοίκηση δεν είχε τα αδέρφια Παύλο και Θανάση στην σύνθεσή της ενώ οι μετοχές του Παναθηναϊκού στις 26 Ιουλίου πέρασαν στον Δημήτρη Γιαννακόπουλο ο οποίος είναι ο νέος πρόεδρος της ΚΑΕ με αντιπρόεδρο τον επί χρόνια μάνατζερ της ομάδας Μάνο Παπαδόπουλο. Ο Παναθηναϊκός έβαλε στην ομάδα του μερικούς από τους πιο ταλαντούχους Έλληνες μπασκετμπολίστες (Βασίλης Ξανθόπουλος, Μάικλ Μπράμος, Σοφοκλής Σχορτσιανίτης) ενώ διατήρησε στο ροστερ του τον αρχηγό του Δημήτρη Διαμαντίδη και τον εμπειρο Κώστα Τσαρτσαρή. Παράλληλα όμως έγιναν και προσθήκες νεαρών παικτών ως μελλοντικές επενδύσεις.
2012- Κατά την διάρκεια της χρονιάς η ομάδα άλλαξε, ενώ κατάφερε να κερδίσει το Κύπελλο Ελλάδας απέναντι στον ΟΣΦΠ επικρατώντας, σε έναν επεισοδιακό τελικό, 81 - 78. Στην Ευρωλίγκα κατάφερε να περάσει στην φάση των 8, όπου αποκλείστηκε από την Μπαρτσελόνα στη Βαρκελώνη με 64-53 στο πέμπτο παιχνίδι της σειράς. Ο πρώτος αγώνας στη Βαρκελώνη έληξε 72-70 υπέρ των Καταλανών, στη συνέχεια στο δεύτερο παιχνίδι της σειράς, ο Παναθηναϊκός κατάφερε να κερδίσει νικηφόρα την Μπαρτσελόνα στη Βαρκελώνη με 65-66 με το τρίποντο του Δημήτρη Διαμαντίδη στα τελευταία δευτερόλεπτα της τέταρτης περιόδου. Στη Αθήνα, στο τρίτο παιχνίδι της σειράς, ο Παναθηναϊκός νίκησε την Μπαρτσελόνα με 65-63. Οι Καταλανοί, στον τέταρτο αγώνα της σειράς, επικράτησαν των Πράσινων στην Αθήνα με σκορ 60-70. Τον Ιούνιο του 2013, η ομάδα έσπασε δύο φορές την έδρα του Ολυμπιακού και κατάφερε να κατακτήσει το 33ο πρωτάθλημα στην ιστορία της, κάνοντας ταυτόχρονα και το double, καθώς λίγους μήνες νωρίτερα είχε κατακτήσει και το Κύπελλο Ελλάδος.
Το 1922 στο Παναθηναϊκό Στάδιο δόθηκε ο πρώτος αγώνας μπάσκετ ελληνικών ομάδων ανάμεσα στον Παναθηναϊκό και τη ΧΑΝΘ. Από τα πρώτα μέλη της ομάδας υπήρξαν οι μεγάλες μορφές του συλλλόγου Καλαφάτης, Νικολαΐδης και Πανουργιάς. Η έλλειψη εξοπλισμού αλλά και ενδιαφέροντος οδήγησε στη διάλυση της ομάδας.
Το 1937 δημιουργήθηκε η επόμενη ομάδα του Παναθηναϊκού και τα επόμενα χρόνια επιχείρησε να καλύψει το χαμένο έδαφος σε σχέση με τις ήδη έτοιμες ομάδες όπως η ΧΑΝΘ, Εθνικός Αθ., Πανιώνιος, Άρης, Ηρακλής. Οι Άγγελος Φιλίππου και Νίκος Μαντζάρογλου, Λίτσας, Δημητράκος, ήταν οι πρωτεργάτες της ομάδας, ενώ στη συνέχεια προσχώρησαν οι Τέλης Καραγιώργος, Θύμιος Καραδήμος, Γιώργος Μποφίλιος, Φίλιππος Παπαοικονόμου, Πέτρος και Νίκος Πολυκράτης. Τα χρόνια της κατοχής, ο ΠΑΟ κατάφερε να διατηρήσει την ομάδα μπάσκετ.
Μεταπολεμική ιστορία Φ. Ματθαίου 1946 - 1960 Το 1946 στο πρώτο μεταπολεμικό πρωτάθλημα, αλλά και το 1947, ο Παναθηναϊκός αναδείχθηκε πρωταθλήτης, με τους Λάμπρου, Πανταζόπουλο, Αρβανίτη (οι οποίοι κατέκτησαν το χάλκινο μετάλιο στο Ευρωμπάσκετ 1949) και το Τζακ Νικολαΐδη (ανηψιό του Απόστολου Νικολαΐδη).
Το 1950 και το 1951 ο Παναθηναϊκός αναδεικνύεται και πάλι πρωταθλητής, ενισχυμένος με τον μεγάλο αθλητή Φαίδων Ματθαίου και το Νίκο Μήλα. Το 1954 επαναλαμβάνει την επιτυχία του. Την επόμενη πενταετία ο ΠΑΟ ήταν αναγκαίο να ανανεωθεί. Το 1959 κατασκευάστηκε στο Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης το κλειστό γυμναστήριο μπάσκετ, γνωστό ως «Τάφος του Ινδού», το οποίο υπήρξε η έδρα της ομάδας μέχρι τις αρχές του 90' και συνδέθηκε με σημαντικές επιτυχίες.
1960 - 1970 Ο Γιώργος Κολοκυθάς Το 1961 ο Παναθηναϊκός επιστρέφει στους τίτλους με νέους ηγέτες τους Βασιλακόπουλο, Ταβουλάρη, Παναγιωταράκο και επαναλαμβάνει την επιτυχία το 1962. Το 1962 αγωνίζεται για πρώτη φορά σε Ευρωπαϊκή διοργάνωση αντιμετωπίζοντας τη Χάποελ Τελ Αβίβ για το Κύπελλο Πρωταθλητριών.
Το 1967 ο Παναθηναϊκός στέφεται πρωταθλητής ενώ αγωνίζεται ήδη στις τάξεις του ο Γιώργος Κολοκυθάς, ένας από τους μεγαλύτερους καλαθοσφαιριστές της εποχής του. Το 1969 η κατάκτηση του Πρωταθλήματος συνοδεύεται από την πρώτη ευρωπαϊκή επιτυχία της ομάδας, την είσοδο στην τετράδα του Κυπέλλου Κυπελλούχων, όπου αποκλείστηκε από τη Ντιναμό Τιφλίδας. Το 1970 ο ΠΑΟ έγινε η πρώτη ελληνική ομάδα που χρησιμοποιεί ξένο παίκτη για τα ευρωπαϊκά παιχνίδια, ο οποίος ήταν ο αμερικανός Κραιγκ Γκρήνγουντ.
Η Χρυσή εποχή 1970 - 1984 Στα επόμενα 14 χρόνια ο Παναθηναϊκός κατέκτησε 10 Πρωταθλήματα Ελλάδος με ηγέτη τον ικανό σκόρερ Απόστολο Κόντο, ενώ παράλληλα συμμετείχε στην τετράδα το 1972 και στην πεντάδα το 1982, του Κυπέλλου Πρωταθλητριών.
1971 - 1975 Ο Απόστολος Κόντος Ο Κώστας Μουρούζης, γνωστός και ως «αλεπού των πάγκων», διαχειρίστηκε την «ομάδα των τεσσάρων Κ». Οι νέοι Κόντος, Κορωναίος, Κοκολάκης, Κέφαλος μαζί με τον Ιορδανίδη, που λειτουργούσε ως συνδετικός κρίκος με τους παλιούς, κατέκτησαν 5 συνεχόμενα πρωταθλήματα και το 1972 έκαναν τη σημαντική για την εποχή τους επιτυχία της συμμετοχής στα ημιτελικά του Κυπέλλου Πρωταθλητριών, πλαισιωμένοι από τον αμερικάνο Γουίλι Κέρκλαντ. Εκεί η Ίνις Βαρέζε, μιας από τις ισχυρότερες ομάδες της εποχής, στάθηκε ανυπέρβλητο εμπόδιο για τον Παναθηναϊκό.
1976 - 1979 Τις επόμενες 4 περιόδους ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρωτάθλημα το 1977 ενώ έχει αποκτηθεί ο Μέμος Ιωάννου από το 1974. Ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρώτο του Κύπελλο Ελλάδος το 1979, χρονιά που αγωνίζεται για πρώτη φορά στη ομάδα του ο ελληνοαμερικανός Ντέιβιντ Στεργάκος, παίκτης με σημαντική προσφορά τα επόμενα χρόνια.
1980 - 1984 Την πενταετία που ακολούθησε ο Παναθηναϊκός κατακτά 4 πρωταθλήματα (1980, 1981, 1982, 1984) και δύο κύπελλα (1982, 1983). Με προπονητή τον Κώστα Πολίτη το 1982 κατακτά το πρώτο νταμπλ αλλά και πετυχαίνει να κατακτήσει την 5η θέση στην Ευρώπη αγωνιζόμενος σε όμιλο, αφού είχε πρωτίστως αποκλείσει την ΤΣΣΚΑ. Το 1984 με πρωταγωνιστές τους Ανδρίτσο και Κάππο, κατέκτησε στον αγώνα μπαράζ της Κέρκυρας, το τελευταίο πρωτάθλημα πριν τη μεγάλη αγωνιστική κρίση που θα ακολουθούσε. Λίγο νωρίτερα έχει ενταχθεί στην ομάδα ο Ρόνι Σεϊκέλι ο οποίος αν και δικαιούταν την ελληνική υποκοότητα, δεν την απέκτησε λόγω γραφειοκρατικών προβλημάτων και αναγκάστηκε να αποχωρήσει, για να αγωνιστεί αργότερα στο ΝΒΑ, στερώντας έτσι από το σύλλογο την ευκαιρία να αποφύγει τα πέτρινα χρόνια.
Η μεγάλη κρίση 1985 - 1992 Ο Αντόνιο Ντέιβις 1985 - 1988 Το 1985 ο ΠΑΟ κατατάσεται 3ος στο πρωτάθλημα, οι Στεργάκος, Ιωάννου, Βίδας Ανδρίτσος, έχουν καθιερωθεί, ενώ ο Κορωναίος θα αποχωρήσει την επόμενη χρονιά. Οι ισορροπίες έχουν πλέον αλλάξει και ο Παναθηναϊκός παύει να αποτελεί φόβητρο και περιορίζεται σε δευτερεύοντα ρόλο. Παρ΄ όλα αυτά αποτελεί υπολογίσιμο αντίπαλο. Το 1986 κάνει την έκπληξη και αποκλείει τον ισχυρό Άρη από το Κύπελλο Ελλάδας, ενώ στο τελικό νικά τον Ολυμπιακό. Αυτός ήταν ο τελευταίος τίτλος του έως το 1993. Τις επόμενες 2 χρονιές κατετάγη 5ος.
Από το 1987 ανέλαβαν την προεδρία του τμήματος οι φαρμακοβιομήχανοι και παλιά μέλη του συλλόγου, αδελφοί Γιαννακόπουλοι.
1989 - 1992 Από το 1988 επιτρέπεται η χρήση ξένου στο πρωτάθλημα και ο Παναθηναϊκός αποκτά τον Έντγκαρ Τζόουνς από το ΝΒΑ. Ικανός σουτέρ, ριμπάουντερ και σκόρερ, τα επόμενα 2 χρόνια είναι ο πρωταγωνιστής της ομάδας. Ο ΠΑΟ προκαλεί σημαντικές απώλειες στις πρωταγωνίστριες ομάδες, όμως απέχει από τη διάκριση. Την επόμενη διετία ο Αντόνιο Ντέιβις παίκτης που θα κάνει στη συνέχεια μεγάλη καριέρα στο ΝΒΑ αντικαθιστά τον Τζόουνς στον ηγετικό ρόλο. Έχουν αποκτηθεί πλέον οι πιο ταλαντούχοι νέοι παίκτες Αλβέρτης, Οικονόμου, Μυριούνης, όμως ο ΠΑΟ διανύει τη χειρότερη περίοδο της ιστορίας του αφού από την 7η θέση το 1991 πέφτει στην 8η το 1992 και μένει για πρώτη φορά εκτός Ευρώπης μετά το 1967.
Η επιστροφή στις διακρίσεις 1993 - 1995 1993 - 1995 Ο Νίκος Γκάλης Το καλοκαίρι του 1992 επιχειρείται πλήρης ανασυγκρότηση στον Παναθηναϊκό. Ο κορυφαίος Έλληνας καλαθοσφαιριστής Νίκος Γκάλης εντάσεται στην ομάδα και πλαισιωμένος από τους Στόγιαν Βράνκοβιτς, Τιτ Σοκ, Άριαν Κόμαζετς οδηγεί τον ΠΑΟ στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας και στους τελικούς του Πρωταθλήματος όπου ηττάται, αν και είχε πλεονέκτημα έδρας. Η επόμενη χρονιά 1993-94 βρίσκει τον Παναθηναϊκό στην τρίτη θέση της Ευρώπης για πρώτη φορά στην ιστορία του και θεωρείται επιτυχημένη, αν και στην Ελλάδα δεν κατάφερε να διακριθεί.
Η σεζόν 1994-95 είχε ξεκινήσει με τις καλύτερες προυποθέσεις και την απόκτηση των Παναγιώτη Γιαννάκη και Ζάρκο Πάσπαλι. Ο ΠΑΟ ήταν το απόλυτο φαβορί για όλους τους τίτλους. Απέκλεισε τον Ολυμπιακό από το κύπελλο Ελλάδας πριν αρχίσει το Πρωτάθλημα. Ο Νίκος Γκάλης (πρωταγωνιστής των προκριματικών του Κυπέλλου Πρωταθλητριών και του αγώνα κυπέλλου με τον Ολυμπιακό) αποχώρησε από την ομάδα μετά τις πρώτες αγωνιστικές του Πρωταθλήματος Ελλάδας. Έτσι ο ΠΑΟ αν και έκανε σπουδαίες εμφανίσεις κατάφερε μόνο να διατηρήσει την τρίτη θέση στην Ευρώπη και να αγωνιστεί στον τελικό του Ελληνικού Πρωταθλήματος.
Πρωταθλητής Ευρώπης, Ηπείρων και Ελλαδος 1996-1998 Η τριετία 1996-98 ήταν η περίοδος που ο ΠΑΟ αναδείχθηκε διαδοχικά Πρωταθλητής Ευρώπης, Ηπείρων και Ελλάδας, εκπληρώνοντας έτσι όλους τους στόχους που είχε θέσει.
1995 - 1996 Ο Ντομινίκ Γουίλκινς Ο πήχης είχε ανέβει πλέον ψηλά για την ομάδα του Παναθηναϊκού και ήταν επιτακτική η ανάγκη για την απόκτηση ενός σημαντικού τίτλου. Το καλοκαίρι του 1995 αποκτάται ο Ντομινίκ Γουίλκινς, ένας από τους κορυφαίους Αμερικάνους που αγωνίστηκαν ποτέ στην Ευρώπη. Προπονητής της ομάδας αναλαμβάνει ο Μπόζινταρ Μάλκοβιτς. Μαζί με τους Γιαννάκη, Βράνκοβιτς, Αλβέρτη, Παταβούκα, Οικονόμου, συνθέτουν μια πολύ έμπειρη ομάδα και αναδεικνύονται στο Παρίσι, πρωταθλητές Ευρώπης, επιτυχία πρωτόγνωρη για ελληνικό σύλλογο μπάσκετ. Στην Ελλάδα η φυγή του Ντομινίκ Γουίλκινς σε συνδυασμό με την κόπωση από το Φάιναλ Φορ, οδήγησαν τον Παναθηναϊκό, στους τελικούς του Πρωταθλήματος, σε μία οδυνηρή ήττα.
1996 - 1997 Την επόμενη σεζόν ο Μάλκοβιτς απομακρύνει όλους τους αστέρες της ομάδας και επιχειρεί να συνθέσει μια ομάδα συνόλου. Με την έναρξη της σεζόν ο ΠΑΟ στέφεται Πρωταθλητής Ηπείρων νικώντας την Ολίμπια Βενάδο Τουέρτο, πρωταθλήτρια Νοτίας Αμερικής. Όμως η ανανέωση αποτυγχάνει και ο Παναθηναϊκός αποτυγχάνει να συμμετάσχει στο Φάιναλ Φορ και να υπερασπιστεί τον ευρωπαϊκό τίτλο του. Στο πρωτάθλημα τερματίζει πέμπτος χάνοντας το δικαίωμα να συμμετάσχει στην Ευρωλίγκα την επομενη χρονιά και έτσι ο μόνος τίτλος που θα ήταν ιδανικός στόχος για να ξεπεραστεί η κρίση την επόμενη περίοδο, ήταν το πρωτάθλημα Ελλάδας.
1997 - 1998 Ο Ντίνο Ράτζα Ο Λευτέρης Σούμποτιτς αναλαμβάνει την τεχνική ηγεσία και πείθει τον Ντίνο Ράτζα να μεταγραφεί στον ΠΑΟ. Ο Μπάιρον Σκοτ και ο Φάνης Χριστοδούλου ήταν σημαντικές επιπλέον μεταγραφικές κινήσεις και. μαζί με τους καταξιωμένους πλέον Αλβέρτη, Οικονόμου, Κοχ και άλλους, οδηγούν τον Παναθηναϊκό στο πρωτάθλημα Ελλάδος. μετά από 14 χρόνια. Στο ελληνικό πρωτάθλημα ο Παναθηναϊκός παρουσίασε εντυπωσιακή εικόνα και κέρδισε στους τελικούς τον ΠΑΟΚ με 3 νίκες έναντι 2.
1999 - Το πρωτάθλημα στο ΣΕΦ Σημαντική αποδείχθηκε για τον Παναθηναϊκό η περίοδος 1998-99 καθώς ο Ολυμπιακός, με πλεονέκτημα έδρας, ήταν έτοιμος να επιστρέψει στην κορυφή. Το πρωτάθλημα κρίθηκε στον τελευταίο αγώνα των πλέι οφ και ο Παναθηναϊκός επικράτησε εκτός έδρας απέναντι στον Ολυμπιακό σημειώνοντας μια από τις αποφασιστικές νίκες του. Έτσι, όχι μόνο διατήρησε τον τίτλο του αλλά οδήγησε τον Ολυμπιακό σε μια διαδικασία ανανέωσης και ανασυγκρότησης η οποία δεν καρποφόρησε στη συνέχεια.
Εποχή Ομπράντοβιτς - Η καταξίωση σε Ελλάδα και Ευρώπη Η έλευση του Ζέλικο Ομπράντοβιτς στον Παναθηναϊκό συνοδεύτηκε με μια περιόδο σημαντικότατων επιτυχιών που καταξίωσαν την ομάδα και την ανέδειξαν σε μια από τις ισχυρότερες της Ευρώπης σε βάθος χρόνου.
2000 - 2002 Πρώτη κίνηση του Ομπράντοβιτς ήταν να προσαρμόσει τον Παναθηναϊκό στον Ντέγιαν Μποντιρόγκα, τον παίκτη πάνω στον οποίο θα «έκτιζε» όλη την ομάδα. Ο Μποντιρόγκα έγινε ο απόλυτος ηγέτης Παναθηναϊκού και τον οδήγησε σε 3 συνεχόμενα πρωταθλήματα 1999, 2000, 2001 και τρεις συνεχόμενους τελικούς Πρωταθλητριών Ευρώπης (2000, 2001 (Σουπρολίγκα), 2002) εκ των οποίων κατέκτησε τους 2 (2000, 2002 στην Ευρωλίγκα). Δεν κατάφερε να κατακτήσει κύπελλο Ελλάδος αν και αγωνίστηκε σε δυο τελικούς. Οι Ράτζα, Ρέμπρατσα, Ρότζερς, Μίντλετον, Αλβέρτης, Κουτλουάι ήταν μερικοί από τους παίκτες που διακρίθηκαν στο διάστημα αυτό. Η κυριαρχία στο ελληνικό πρωτάθλημα διακόπηκε το 2002, χρονιά που κατέκτησε το 3ο Ευρωπαϊκό πρωτάθλημα, στο τέλος της οποίας σημειώθηκαν σημαντικές αλλαγές, με αφετηρία τη φυγή του Μποντιρόγκα και την επακόλουθη αναγκαία ανανέωση της ομάδας.
2003 - 2011 Ο Δημήτρης Διαμαντίδης Τη σεζόν 2002-03 ο Ομπράντοβιτς έπρεπε να επαναφέρει τον Παναθηναϊκό στην κορυφή της Ελλάδας ξεκινώντας από νέα βάση. Πέτυχε το στόχο του, αφού τα επόμενα 7 χρόνια κατέκτησε 6 νταμπλ και 2 τριπλ κράουν. Ο Παναθηναϊκός άλλαξε ριζικά τον τρόπο παιχνιδιού του μετά την αντικατάσταση του Μποντιρόγκα. Το συγκεντρωτικό παιχνίδι του Σέρβου αθλητή αντικαταστάθηκε από ένα πρωτόγνωρο μοντέλο ομαδικού παιχνιδιού που αποδείχθηκε ότι αντιπροσώπευε την εξέλιξη του αθλήματος, που περνούσε σε πιο ομαδική μορφή. Παίκτες όπως οι Λάκοβιτς, ΜακΝτόναλντ, Αλβέρτης στη συνέχεια οι Διαμαντίδης, Χατζηβρέττας, Σκεπάνοβιτς, Μπατίστ και αργότερα Σπανούλης, Σισκάουσκας, Γιασικεβίτσιους, αγωνίστηκαν με γνώμονα το ομαδικό μπάσκετ και τη συνολική επιτυχία της ομάδας. Ο ΠΑΟ έτσι εξελίχθηκε σε ένα μηχανισμό κατάκτησης τίτλων όπου δεν υπήρξε ποτέ ανατικατάστατος παίκτης και οι διακρίσεις ταυτίστηκαν με την ομάδα. Στις 14 Δεκεμβρίου 2009 η ομάδα του ΠΑΟ αναδείχθηκε κορυφαία ομάδα για το 2009 στην ψηφοφορία του Συνδέσμου Αθλητικών Συντακτών , με 1.291 ψήφους.
Τέλος εποχής Ομπράντοβιτς Στις 12 Ιουνίου του 2012 ανακοινώθηκε το τέλος της συνεργασίας του Παναθηναϊκού με τον προπονητή Ομπράντοβιτς ύστερα από 13 χρόνια επιτυχιών και 5 Ευρωπαϊκών κυπέλλων. Ο νέος Παναθηναϊκός αποφασίστηκε να χτιστεί με περισσότερους Έλληνες και το πρώτο βήμα για την εκπλήρωση του εγχειρήματος έγινε με την πρόσληψη του προπονητή, και πρώην παίχτη της ομάδας, Αργύρη Πεδουλάκη. Η νέα διοίκηση δεν είχε τα αδέρφια Παύλο και Θανάση στην σύνθεσή της ενώ οι μετοχές του Παναθηναϊκού στις 26 Ιουλίου πέρασαν στον Δημήτρη Γιαννακόπουλο ο οποίος είναι ο νέος πρόεδρος της ΚΑΕ με αντιπρόεδρο τον επί χρόνια μάνατζερ της ομάδας Μάνο Παπαδόπουλο. Ο Παναθηναϊκός έβαλε στην ομάδα του μερικούς από τους πιο ταλαντούχους Έλληνες μπασκετμπολίστες (Βασίλης Ξανθόπουλος, Μάικλ Μπράμος, Σοφοκλής Σχορτσιανίτης) ενώ διατήρησε στο ροστερ του τον αρχηγό του Δημήτρη Διαμαντίδη και τον εμπειρο Κώστα Τσαρτσαρή. Παράλληλα όμως έγιναν και προσθήκες νεαρών παικτών ως μελλοντικές επενδύσεις.
2012- Κατά την διάρκεια της χρονιάς η ομάδα άλλαξε, ενώ κατάφερε να κερδίσει το Κύπελλο Ελλάδας απέναντι στον ΟΣΦΠ επικρατώντας, σε έναν επεισοδιακό τελικό, 81 - 78. Στην Ευρωλίγκα κατάφερε να περάσει στην φάση των 8, όπου αποκλείστηκε από την Μπαρτσελόνα στη Βαρκελώνη με 64-53 στο πέμπτο παιχνίδι της σειράς. Ο πρώτος αγώνας στη Βαρκελώνη έληξε 72-70 υπέρ των Καταλανών, στη συνέχεια στο δεύτερο παιχνίδι της σειράς, ο Παναθηναϊκός κατάφερε να κερδίσει νικηφόρα την Μπαρτσελόνα στη Βαρκελώνη με 65-66 με το τρίποντο του Δημήτρη Διαμαντίδη στα τελευταία δευτερόλεπτα της τέταρτης περιόδου. Στη Αθήνα, στο τρίτο παιχνίδι της σειράς, ο Παναθηναϊκός νίκησε την Μπαρτσελόνα με 65-63. Οι Καταλανοί, στον τέταρτο αγώνα της σειράς, επικράτησαν των Πράσινων στην Αθήνα με σκορ 60-70. Τον Ιούνιο του 2013, η ομάδα έσπασε δύο φορές την έδρα του Ολυμπιακού και κατάφερε να κατακτήσει το 33ο πρωτάθλημα στην ιστορία της, κάνοντας ταυτόχρονα και το double, καθώς λίγους μήνες νωρίτερα είχε κατακτήσει και το Κύπελλο Ελλάδος.